Trong Sát Thủ: Mật Danh 47 (Hitman: Agent 47) bí mật được hé lộ khi “47” chính là một người nhân tạo được biến đổi gien, là sản phẩm cuối cùng từ một dự án khoa học nhằm tạo ra một đội quân siêu hạng với sức mạnh, tốc độ, sự dẻo dai và trí thông minh vượt trội người thường.

Nhưng tất cả những sự thử nghiệm trước đó đã thất bại, và anh chính là sản phẩm thành công duy nhất còn sót lại. Giờ đây “47” phải vừa chống lại sự săn đuổi từ các thế lực muốn tiếp tục dự án kia, vừa tìm hiểu về nguồn gốc của mình, và manh mối dẫn anh đến chính con gái của nhà khoa học chịu trách nhiệm về dự án năm xưa, hai người quyết định hợp tác để giải mã sự thật.